【学外受託サービス】 質量分析によるタンパク質解析

   徳島大学大学院医歯薬学研究部 総合研究支援センターでは、生命科学分野におけるプロテオミクスをサポートさせていただくため、質量分析受託サービスを行っております。タンパク質を研究される皆様に信頼性の高い結果をご提供いたします。  

 

            王冠マーク Orbitrap Elite による質量分析

   【A3a】【A3b】タンパク質同定解析、【A3c】【A3d】タンパク質網羅的解析

                是非ご利用ください。

 

       ☆ Orbitrap Elite は、高精度・高感度・高分解能を有し、高速スキャン分析が可能です。

          より多くの微量タンパク質が同定され、Coverage () の高い結果が得られます。

 

§1.  受託サービス一覧

 【A3a】 【A3b】 【A3c】 【A3d】 【 X 】 多検体割引実施中!!

   << 平成30年3月30日(金)サンプル到着分まで >>

 下記の解析料金より割引いたします。詳細はお問い合わせください。

 

解析項目 使用機器

 解析料金

(税込単価)

  douteiritu990.jpg
 【A3a】 nanoLC-MS/MS によるタンパク質同定 a 1, 2 62,640円
 【A3b】 nanoLC-MS/MS によるタンパク質同定 b 1, 2 54,000円
 【A3c】 nanoLC-MS/MS による網羅的分析 c
1, 2 140,400円

 【A3d】 nanoLC-MS/MS による網羅的分析 d

1, 2 118,800円
 【 B 】 Mascot 検索によるタンパク質同定解析 11,880円
 【 F 】 タンパク質の解析(修飾その他) 29,700円

 オプション 【 G 】 Mascot 検索用ファイル提供

                    (タンパク質同定)

5,940円
 オプション 【 X 】 MSサンプル調製 18,900円

 

※ 解析料金 (税込単価) には消費税相当額が含まれています。

※ 最初はメールでお問い合わせください (§5. お問い合わせ 参照)。 

※ 結果に関わらず解析料金が必要です。何卒ご了承ください。

※ 通常は2週間以内に結果速報メールを送信いたしますが、受託状況によって変わりますのでお問い合わせください。  

 

 

使用機器

 

  1. Nanoflow LC-MS/MS

        Elite LCMSMS

       質量分析装置 : Orbitrap Elite (Thermo Fisher Scientific, USA)

           nanoLC : UltiMate 3000 RSLCnano system (Thermo Fisher Scientific, USA)    

        

   2.  データベース検索

       Mascot 解析ソフト (Matrix Science, UK)

 

§2.  受託サービス内容 

 

【A3a】  nanoLC-MS/MS によるタンパク質同定 a   ---------

 

<目的>                                       

 タンパク質の同定および修飾部位解析を目的とした分析・解析を行います。

 

<内容>

1)方法

  当センターでタンパク質を酵素消化(主にTrypsin 消化)した後、そのペプチド溶液を nanoLC-MS/MS に供します。得られた MS/MS データを用いて In-house にて Mascot 検索を行い、その結果をご報告いたします。

   ※ 修飾解析は、Mascot 検索時の modification 設定に限定し、Mascot 検索結果のみをご報告いたします。
   ※ ショットガン分析は除きます。
   ※ 通常、NCBI データベースに対して検索を行いますが、別データベースでの検索をご希望の場合はお問い合わせください。
   ※ 結果報告には、Mascot 検索1回分もしくは MS/MS データ (mgf ファイル) 提供のどちらかが含まれます。

 

2)サンプル形態

  タンパク質のゲル片 (CBB 染色、質量分析用銀染色、SYPRO Ruby 染色など)
  タンパク質の溶液、凍結乾燥品など

 

3)必要サンプル量

  ・ゲル片 15 fmol 以上 (修飾解析を行う場合は 1 pmol 以上)

   ※ 一度に処理可能な量として、ミニゲルサイズ(1 レーン分;5×1×1 mm)で5レーン分まで、ラージゲルサイズ (1 レーン分;8×1×1 mm) で3レーン分までが適当です。

   ※ サンプル量のご相談はメールにて受け付けております。ゲルの染色画像をメールに添付してお送りください (§5. お問い合わせ 参照)。

 

      サンプル量の見積もり(ゲル片)(81KB)

 

  ・溶液、凍結乾燥品は要相談

   ※ 精製度の高いものに限定させていただきます。
   ※ 濃度や共存成分に依存いたします。

 

4)結果報告・納品物

  ・報告書 (Base Peak Ion Chromatogram)
  ・CD-ROM (Mascot Search Results の pdf ファイルなど)  

 

5)その他

   サンプルによっては、オプションを適用させていただくことがあります。

 

 

【A3b】  nanoLC-MS/MS によるタンパク質同定 b   ---------

 

<目的>                                       

 タンパク質、ペプチドの同定および修飾部位解析を目的とした分析・解析を行います。

 

<内容>

1)方法

  提供ペプチド溶液をそのまま nanoLC-MS/MS に供します。得られた MS/MS データを用いて In-house にて Mascot 検索を行い、その結果をご報告いたします。
   ※ 当センターにてタンパク質の酵素消化は行いません。

   ※ 修飾解析は、Mascot 検索時の modification 設定に限定し、Mascot 検索結果のみをご報告いたします。

   ※ ショットガン分析は除きます。
   ※ 通常、NCBI データベースに対して検索を行いますが、別データベースでの検索をご希望の場合はお問い合わせください。
   ※ 結果報告には、Mascot 検索1回分もしくは MS/MS データ (mgf ファイル) 提供のどちらかが含まれます。

 

2)サンプル形態

  ペプチド溶液、ペプチド凍結乾燥品
   ※ in-gel digestion を行った後のペプチド溶液など、精製度の高いものに限定させていただきます。
   ※ 質量分析グレードをご使用ください。 

 

3)必要サンプル量

  溶液 10 μl 以上 (溶解時の濃度 5 fmol/μl 以上) 

   ※ 濃度や共存成分に依存いたします。

 

4)結果報告・納品物

  ・報告書 (Base Peak Ion Chromatogram)
  ・CD-ROM (Mascot Search Results の pdf ファイルなど)

 

5)その他

  サンプルによっては、オプションを適用させていただくことがあります。

 

 

【A3c】  nanoLC-MS/MS による網羅的分析 c   ---------

 

<目的>                                       

 タンパク質の同定および修飾部位解析を目的とした網羅的分析・解析を行います。非常に多くのタンパク質が混在する場合の一次スクリーニング的な解析です。

 

<内容>

1)方法

  当センターでタンパク質を酵素消化(主にTrypsin 消化)した後、そのペプチド溶液を nanoLC-MS/MS に供します。得られた MS/MS データを用いて In-house にて Mascot 検索を行い、その結果をご報告いたします。

   ※ 修飾解析は、Mascot 検索時の modification 設定に限定し、Mascot 検索結果のみをご報告いたします。
   ※ 通常、NCBI データベースに対して検索を行いますが、別データベースでの検索をご希望の場合はお問い合わせください。
   ※ 結果報告には、Mascot 検索1回分もしくは MS/MS データ (mgf ファイル) 提供のどちらかが含まれます。

 

2)サンプル形態

  タンパク質のゲル片 (CBB 染色、質量分析用銀染色、SYPRO Ruby 染色など)
  タンパク質の溶液、凍結乾燥品など

 

3)必要サンプル量

  お問い合わせください。

 

4)結果報告・納品物

  ・報告書 (Base Peak Ion Chromatogram)
  ・CD-ROM (Mascot Search Results の pdf ファイルなど)  

 

5)その他

   サンプルによっては、オプションを適用させていただくことがあります。

 

 

【A3d】  nanoLC-MS/MS による網羅的分析 d   ---------

 

<目的>                                       

 タンパク質、ペプチドの同定および修飾部位解析を目的とした網羅的分析・解析を行います。非常に多くのタンパク質、ペプチドが混在する場合の一次スクリーニング的な解析です。

 

<内容>

1)方法

  提供ペプチド溶液をそのまま nanoLC-MS/MS に供します。得られた MS/MS データを用いて In-house にて Mascot 検索を行い、その結果をご報告いたします。
   ※ 当センターにてタンパク質の酵素消化は行いません。

   ※ 修飾解析は、Mascot 検索時の modification 設定に限定し、Mascot 検索結果のみをご報告いたします。

   ※ 通常、NCBI データベースに対して検索を行いますが、別データベースでの検索をご希望の場合はお問い合わせください。
   ※ 結果報告には、Mascot 検索1回分もしくは MS/MS データ (mgf ファイル) 提供のどちらかが含まれます。

 

2)サンプル形態

  ペプチド溶液、ペプチド凍結乾燥品
   ※ ペプチド以外の不純物を除いたものに限定させていただきます。
   ※ 質量分析グレードをご使用ください。 

 

3)必要サンプル量

  溶液 10 μl 以上 (溶解時の濃度 50 fmol/μl 以上) 

   ※ 濃度や共存成分に依存いたします。

 

4)結果報告・納品物

  ・報告書 (Base Peak Ion Chromatogram)
  ・CD-ROM (Mascot Search Results の pdf ファイルなど)

 

5)その他

  サンプルによっては、オプションを適用させていただくことがあります。

 

 

【 B 】  Mascot  検索によるタンパク質同定解析  ---------

 

<目的>

  タンパク質の同定および修飾部位解析を目的とした検索を行います。

 

<内容>

1)方法

  既に取得済みの LC-MS/MS データや PMF (Peptide Mass Fingerprint) データを用いて In-house にて Mascot 検索を行い、その結果をご報告いたします。

   ※ 当センター以外で分析を行った場合も、ご提供いただいた Mascot 検索用データを用いて対応させていただきます。

   ※ 修飾解析は、Mascot 検索時の modification 設定に限定し、Mascot 検索結果のみをご報告いたします。

   ※ 別データベースでの検索をご希望の場合はお問い合わせください。プライベートデータベース検索も可能です。

 

2)解析

  データベース検索

   Mascot (Matrix Science, UK)   

   

3)データ形態

  Mascot 検索用データ (質量分析装置のデータ形式に依存)
   ※ 当センター以外で分析を行った場合のみご提供ください。

 

4)結果報告・納品物
  ・報告書
  ・CD-ROM (Mascot Search Results の pdf ファイルなど) 

 

 

【 F 】  タンパク質の解析(修飾その他)  ---------

 

<目的>

  タンパク質の同定および修飾部位解析を目的とした解析を行います。

 

<内容>

1)方法

  既に取得済みの LC-MS/MS データを用い、タンパク質の同定・修飾解析を行います。Mascot 検索結果以外の報告形式に対応いたします。

   ※ ご依頼内容により、Mascot 検索結果の補足データを添付いたします。

   ※ Mascot による再検索は 【B】 Mascot 検索によるタンパク質同定解析  を適用いたします。

   ※ 修飾解析は、Mascot 検索時の modification 設定に限定いたします。

   ※ 当センター以外で分析を行った場合も、Raw Data 等を用いて対応させていただきます。
 

2)データ形態

  Raw Data
  Mascot 検索用データ (質量分析装置のデータ形式に依存)
   ※ 当センター以外で分析を行った場合のみご提供ください。
 

3)結果報告・納品物
  ・報告書
  ・CD-ROM

    ※ ご依頼内容により対応させていただきます。

 

 

【 G 】  Mascot 検索用ファイル提供 (タンパク質同定)  ---------

 

<目的>

  Mascot 検索用ファイル (mgf ファイル) をご提供することにより、貴研究室において独自のパラメーター検索が可能となります。

 

<内容>

1)方法

  当センターのタンパク質同定分析にて取得した Mascot 検索用ファイル (mgf ファイル) をご提供いたします。

 

2)結果報告・納品物
  ・報告書
  ・CD-ROM (Mascot 検索用ファイル) 

 

3)その他

  ・本項目のみの受託は行っておりません。

  ・分析結果報告時、既に Mascot 検索用ファイルを提供済みの場合は適用いたしません。

 

 

【 X 】  MSサンプル調製    ---------

 

<目的>                                       

 タンパク質の同定および修飾部位解析を目的とした分析・解析を行うにあたり、サンプルを適切に前処理いたします。

 

<内容>

1)方法

 基本的にタンパク質を還元アルキル化(DTT, ヨードアセトアミド)& 酵素消化(Trypsin)いたします。

   ※ 脱塩処理など基本の方法以外でサンプル調製を行った場合や、基本の方法に追加してサンプル調製を行った場合に適用させていただきます。その他の方法で処理する場合は、お問い合わせください。

 

2)サンプル形態

  ゲル片 (CBB 染色、質量分析用銀染色、SYPRO Ruby 染色など)
  溶液、凍結乾燥品など

 

3)必要サンプル量

  ・ゲル片 500 fmol 以上 (修飾解析を行う場合は 2 pmol 以上)

   ※ 一度に処理可能な量として、ミニゲルサイズ(1 レーン分;5×1×1 mm)で5レーン分まで、ラージゲルサイズ (1 レーン分;8×1×1 mm) で3レーン分までが適当です。

   ※ サンプル量のご相談はメールにて受け付けております。ゲルの染色画像をメールに添付してお送りください (§5. お問い合わせ 参照)。

 

      サンプル量の見積もり(ゲル片)(81KB)

 

   ・溶液、凍結乾燥品は要相談

   ※ 精製度の高いものに限定させていただきます。
   ※ 濃度や共存成分に依存いたします。

 

4)結果報告・納品物

  ・報告書

 

5)その他

  ・本項目のみの受託は行っておりません。

  サンプル調製から分析までの受託項目が設定されている場合は、その料金体系を適用いたします。
  ・調製後のサンプルは当センターで分析を行うものとし、返却はいたしません。

  ・受託項目に関わらず、サンプル調製後に依頼者のご都合で分析中止となった場合にも適用させていただきます。

 

 

◆ 以上の LC-MS/MS サービスは、徳島大学 先端酵素学研究所 プロテオゲノム研究領域 (旧 疾患プロテオゲノム研究センター) のご協力により行われております。

 

 

§3.  受託サービスの流れ

  解析項目をご指定いただきますと、次のような流れで受託いたします。質量分析依頼書等の書類はメールでお送りさせていただきますので、最初のお問い合わせはメールでお願い致します。

  詳細な内容についてもご要望に応じて進めさせていただきます。まずは、お気軽にお問い合わせください。

 

質量分析受託の流れ 

 

 

§4.  ご利用機関

   愛媛大学

   大阪大学

   香川大学

   京都大学

   久留米大学
   慶應義塾大学
   国立精神・神経医療研究センター

   就実大学

   城西大学

   崇城大学
   太陽化学株式会社

   筑波大学下田臨界実験センター
   東京大学
   東京薬科大学

   徳島文理大学

   奈良先端科学技術大学院大学
   新潟大学

   農業生物資源研究所

   北海道大学

   松山大学

   立命館大学

   琉球大学

   早稲田大学

                              その他 大学, 病院, 公共研究機関, 民間企業など多数

                                ※敬称略, 五十音順, 掲載可能な大学・機関のみ公開させていただきます

 

 

§5.  お問い合わせ

国立大学法人 徳島大学大学院医歯薬学研究部

総合研究支援センター 先端医療研究部門 

                Support Center for Advanced Medical Sciences,

                   Institute of Biomedical Sciences,
                   Tokushima University Graduate School

 

佐川 幾子 (Ikuko Sagawa

〒770-8503 徳島県徳島市蔵本町3丁目18-15

TEL    : 088-633-7107

E-mail : isagawa[at]md.tokushima-u.ac.jp

        注)[at]を@に変えてご送信ください。

 

最終更新日:2017年10月10日